Las infecciones de las mucosas por VPH se clasifican además en latentes (asintomáticas), subclínicas o clínicas. Las lesiones clínicas son evidentes, mientras que las infecciones latentes sólo se detectan con pruebas de ADN viral. Las lesiones subclínicas se identifican mediante la aplicación de ácido acético al 3-5% y la inspección con aumento. La mayoría de las infecciones por VPH están latentes; las infecciones clínicamente aparentes suelen provocar verrugas en lugar de tumores malignos.

Las infecciones por VPH son comunes y dan lugar a una amplia variedad de manifestaciones clínicas que afectan las superficies epidérmicas. Los condilomas acuminados (verrugas genitales) generalmente se reconocen como proliferaciones benignas de la piel y mucosa anogenital resultantes de la infección por VPH. Las verrugas genitales se transmiten por contacto sexual. Aproximadamente dos tercios de las personas que tienen contacto sexual con una pareja infectada desarrollan verrugas genitales. Se desconoce el tiempo exacto de incubación, pero se estima que oscila entre 3 semanas y 8 meses.

A pesar de la naturaleza generalmente benigna de estas proliferaciones, ciertos tipos de VPH pueden colocar a los pacientes en un alto riesgo de cáncer anogenital. Algunos también han sido implicados en el cáncer de laringe y oral y en algunos cánceres de pulmón.

Los tipos de VPH 6 y 11 generalmente se etiquetan como de bajo riesgo porque la infección con estos tipos tiene un potencial oncogénico bajo y generalmente resulta en la formación de condilomas y lesiones precancerosas de bajo grado. Los tipos de VPH 16 y 18 se han convertido en los tipos de VPH de alto riesgo porque son responsables de la mayoría de las lesiones intraepiteliales de alto grado que pueden progresar a carcinomas, en particular aquellos en la categoría anogenital o mucosa.

La infección por VPH por sí sola no causa transformación maligna del tejido infectado. En este proceso se han implicado cofactores como el consumo de tabaco, la radiación ultravioleta, el embarazo, la deficiencia de folato y la supresión inmunitaria.